L’ulcère duodénal ou gastrique résulte d’un déséquilibre en un point précis de la muqueuse, entre des facteurs d’agression (sécrétions acide et peptique) et des facteurs de défense (mucus, épithélium de surface, vascularisation muqueuse, faculté de la muqueuse à s’opposer à la rétrodiffusion des ions H+ et prostaglandines). Il est généralement admis que dans l’ulcère duodénal, le facteur dominant est l’agression chlorhydropeptique alors que dans l’ulcère gastrique c’est l’altération de la muqueuse gastrique. Ce déséquilibre résulte de l’intrication de différents facteurs génétiques et d’environnement.