Une ulcération génitale est souvent d’origine infectieuse. Actuellement en France, toute ulcération génitale aiguë (moins de 4 semaines) est à considérer à priori comme une syphilis. Il faut également évoquer le diagnostic d’herpès, cause fréquente d’ulcération génitale, néanmoins, ce diagnostic n’est évident que lorsqu’il existe des vésicules, un zona est alors également possible mais plus rare. Il est important de ne pas méconnaître une primo-infection par le VIH, cause plus rare d’ulcération génitale qui s’accompagne souvent d’un tableau fébrile, de polyadénopathies et d’une éruption cutanée.
Lorsqu’il n’y a pas de vésicules le diagnostic étiologique est très difficile sur le seul examen clinique, entre une syphilis, un herpès, une primo-infection VIH, car la surinfection est fréquente et la valeur prédictive positive des éléments cliniques (douleur, induration...) est faible.